Ahmad Sanjar a trebuit sa se confrunte cu revolte in Transoxiana, Afganistan si Kirgizstan, precum si a nomazilor Kara-Khitanilor care au invadat estul si capturat teritorii importante. Kara-Khitanii i-au invins pe Qarakhanizii din Vest, un vasal al selgiucizilor. Qarakhanizii au apelat la ajutor din partea selgiucizilor, dar in batalia de la Qatwan din 1141, Sanjar a fost invins decisiv. Armata selgiuca a suferit pierderi mari si Sanjar abia a scapat cu viata lui. Prestigiul selgiucizilor a fost mult diminuat, si-au pierdut toate provinciile estice pana la Darya Syr.
Vezi si Diviziunile administrative ale Imperiului Otoman
In 1153, turcii oghuzi s-au razvratit si l-au capturat pe Sanjar. A reusit sa scape trei ani mai tarziu, dar moare anul viitor. In ciuda catorva incercari de a-i reuni pe selgiucizi, cruciadele i-au impiedicat sa reunifice fostul lor imperiul. Dupa moartea lui Ahmed Sanjar in 1156, imperiul sau s-a fracturat din nou, beii sai devenind independenti.
Selgiucizii khorasani in Khorasan si Transoxania, cu capitala la Merv;
Selgiucizii kermani;
Sultanatul de la Rum, cu capitala la Iznik (Niceea), apoi la Konya (Iconium);
Atabeghlikul de la Salgur pe teritoriul Iranului de astazi;
Atabeghlikul de la Ildeniz pe teritoriul Irakului si Azerbaijanului, cu capitala la Hamadan;
Atabeghlikul de la Bori in Siria, avand capitala in Damasc;
Atabeghlikul de la Zangi in Al Jazira (nordul Mesopotamiei), cu capitala la Mosul;
Beghlikurile turcice: Danishmenzii, Artuqizii, Saltuqizii and Mengujekizii in Asia Mica;
Imperiul Khwarazmian in Transoxania si Khwarezm, cu capitala la Urganch;
Dupa doua cruciade, generalul lui Nur ad-Din, Shirkuh, a format un stat in Egipt pe teritoriul fatimid, fiind urmat de Saladin. In timp, Saladin s-a razvratit impotriva Nur ad-Din, si, dupa moartea sa, Saladin s-a casatorit cu sotia acestuia si au capturat cea mai mare a Siriei si a creat dinastia Ayyubida.
Vezi si Cele mai mari imperii din istorie, in fapte si cifre
Pe alte fronturi, regatul Georgiei a inceput sa devina o putere regionala, extingandu-si granitele in detrimentul selgiucizilor. Acelasi lucru a fost valabil in renasterea Regatului armean al Ciliciei sub Leon al II-lea de Armenia in Anatolia. Califul Abbassid An-Nasir, de asemenea, a inceput sa-si reafirme autoritatea, aliindu-se cu sahul Khwarezm Takash.
Pentru o scurta perioada de timp, Togrul al III-lea a fost sultanul a tuturor selgiucizilor, cu exceptia celor din Anatolia. In 1194, cu toate acestea, Togrul a fost invins de Takash, Sah al Imperiului Khwarezmid, si in cele din urma s-au prabusit selgiucizii. Ramasita a fostului Imperiu Selgiuc a ramas doar Sultanatul de Rom in Anatolia. Dar dinastia decazand in mijlocul secolului al XIII-lea din cauza mongolilor care au invadat Anatolia in jurul anului 1260 si l-au impartit in mai multe emirate mici. In cele din urma unul dintre acestea, cel otoman, a reusit sa le cucereasca pe restul.